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本文目錄一覽：

• 1、數(shù)據(jù)分析:數(shù)據(jù)預(yù)處理--缺失值處理(三)
• 2、轉(zhuǎn)錄組差異分析金標(biāo)準(zhǔn)-Limma-voom實(shí)戰(zhàn)
• 3、英語單詞中有哪些是以oom結(jié)尾的,如room,zoom.

數(shù)據(jù)分析:數(shù)據(jù)預(yù)處理--缺失值處理(三)

Robust scatter plot smoothing 或 lowess regression是另一類標(biāo)準(zhǔn)化方法，limma包的voom函數(shù)就使用了該方法。通過線性回歸的殘差擬合曲線，然后計(jì)算每個(gè)feature對(duì)應(yīng)的權(quán)重值，這作為標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)果。

一般情況下，數(shù)據(jù)預(yù)處理主要有數(shù)據(jù)清洗（如對(duì)異常值、缺失值、數(shù)據(jù)格式的處理）、構(gòu)造新變量（均值、因子分子中的因子）、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化、數(shù)據(jù)類型的變換等。

在數(shù)據(jù)清洗過程種，主要處理的是缺失值、異常值和重復(fù)值。所謂清洗，是對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行丟棄、填充、替換、去重等操作，實(shí)現(xiàn)去除異常、糾正錯(cuò)誤、補(bǔ)足缺失的目的。

數(shù)據(jù)挖掘算法本身更致力于避免數(shù)據(jù)過分?jǐn)M合所建的模型，這一特性使得它難以通過自身的算法去很好地處理不完整數(shù)據(jù)。因此，缺失值需要通過專門的方法進(jìn)行推導(dǎo)、填充等，以減少數(shù)據(jù)挖掘算法與實(shí)際應(yīng)用之間的差距。

數(shù)據(jù)分析中的缺失值處理沒有高質(zhì)量的數(shù)據(jù)，就沒有高質(zhì)量的數(shù)據(jù)挖掘結(jié)果，數(shù)據(jù)值缺失是數(shù)據(jù)分析中經(jīng)常遇到的問題之一。當(dāng)缺失比例很小時(shí)，可直接對(duì)缺失記錄進(jìn)行舍棄或進(jìn)行手工處理。但在實(shí)際數(shù)據(jù)中，往往缺失數(shù)據(jù)占有相當(dāng)?shù)谋戎亍?/p>

轉(zhuǎn)錄組差異分析金標(biāo)準(zhǔn)-Limma-voom實(shí)戰(zhàn)

1、imma，edgeR，DESeq2 三大包基本是做轉(zhuǎn)錄組差異分析的金標(biāo)準(zhǔn)，大多數(shù)轉(zhuǎn)錄組的文章都是用這三個(gè)R包進(jìn)行差異分析。 edgeR 差異分析 速度快 ，得到的基因數(shù)目比較多， 假陽性高 （實(shí)際不差異結(jié)果差異）。

2、進(jìn)行差異分析時(shí)常用limma。雖然它是針對(duì)芯片數(shù)據(jù)開發(fā)的，但也有l(wèi)imma-voom可以分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，可以作為金標(biāo)準(zhǔn)。

3、Limma包是基于voom的算法，它既可以對(duì)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析，也可以對(duì)轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析。

4、經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會(huì)使用到三個(gè)工具 limma/voom ， edgeR 和 DESeq2 。今天我們就通過一個(gè)小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)來演示 DESeq2 的簡(jiǎn)單流程。

5、基因長(zhǎng)度、測(cè)序深度），不可以比較。進(jìn)行這些基因標(biāo)準(zhǔn)化方法的目的是將count矩陣轉(zhuǎn)變?yōu)橄鄬?duì)值，去除技術(shù)偏差的影響，使后續(xù)的差異分析具有統(tǒng)計(jì)學(xué)的意義。

英語單詞中有哪些是以oom結(jié)尾的,如room,zoom.

大部分oo發(fā)成長(zhǎng)音。例詞voom：food， shoot， boost；例外詞：good， -hood， stood， understood， wood， foot， soot， wool；超級(jí)例外詞：blood， flood 。oo在k/p/n后面的通常是長(zhǎng)音。

soon 英 [su：n] 美 [sun]adv.快；立刻，馬上；一會(huì)兒，不久；寧愿。Youll never guess what happened as soon as I left my room.voom你怎么也猜不出我一離開房間就發(fā)生了什么事。

以s， sh，ch，x等結(jié)尾的詞加“es”，如bus→buses，watch→watches等；以o 結(jié)尾的名詞變復(fù)數(shù)時(shí)，加es的名詞有： potato→potatoes ，tomato→tomatoes，hero-heroes。

名詞，Nouns (n.) 表示人或事物的名稱。代詞，Pronouns (pron.)代替名詞、數(shù)詞、形容詞。形容詞， Adjectives(adj.) 用來修飾名詞，表示人或事物的特征 。數(shù)詞，Numerals(num.)表示數(shù)目或順序 。

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